マニラまでは成田国際空港、羽田空港、関西国際空港、中部国際空港、福岡空港から直行便が運航されています。
各航空会社により所要時間は異なりますが、約4時間～5時間のフライトでマニラに到着することができます。
現在、下記の就航が予定されています。
・2019年2月より東京（羽田空港）発着 日本航空
・2019年4月より大阪（関西国際空港）発着 フィリピン航空（週11便へ増便）
日本からマニラへの直行便
- 成田国際空港※所要時間：約5時間
-
| 航空会社 |
曜日 |
| フィリピン航空 |
毎日（週14便） |
| 日本航空 |
毎日（週14便） |
| 全日空 |
毎日（週7便） |
| デルタ航空 |
毎日（週7便） |
| セブパシフィック航空 |
毎日（週14便） |
| ジェットスター・ジャパン |
毎日（週7便） |
- 羽田空港※所要時間：約4時間40分
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| 航空会社 |
曜日 |
| フィリピン航空 |
毎日（週14便） |
| 日本航空 |
毎日（週7便） |
- 関西国際空港※所要時間：約4時間
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| 航空会社 |
曜日 |
| フィリピン航空 |
毎日（週11便） |
| セブパシフィック航空 |
月・火・水・木・土・日（週7便） |
| ジェットスター・ジャパン |
月・火・水・金・土・日（週7便） |
- 中部国際空港※所要時間：約4時間
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| 航空会社 |
曜日 |
| フィリピン航空 |
毎日（週7便） |
| セブパシフィック航空 |
月・火・木・金・土・日（週6便） |
| ジェットスター・ジャパン |
月・水・金・日（週4便） |
- 福岡空港※所要時間：約4時間
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| 航空会社 |
曜日 |
| フィリピン航空 |
毎日（週7便） |
| セブパシフィック航空 |
火・木・日（週3便） |
- 新千歳国際空港※所要時間：約5時間35分
-
| 航空会社 |
曜日 |
| フィリピン航空 |
月・水・金（週3便） |
